Фамилия Рустетов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Первое, что бросается в глаза, — суффикс -ов, который указывает на русскую модель образования: «чей?» — Рустетов, то есть потомок человека по имени или прозвищу Рустет. Сама основа Рустет в русских святцах не встречается, поэтому версия о крестильном имени отпадает почти сразу. Скорее всего, перед нами фамилия искусственного или семинарского происхождения, либо прозвищная, но с нерусским корнем.

В духовных училищах XVIII–XIX веков будущим священникам нередко давали фамилии, образованные от латинских или греческих слов, чтобы они звучали благозвучнее простых крестьянских. Здесь напрашивается латинское rusticus — «деревенский, сельский, простой». Если это так, то семинарист мог получить фамилию Рустетов (через форму rustetus — «сельский житель») как намёк на происхождение из крестьян или как характеристику смиренного нрава. Подобные случаи известны: от того же корня образованы фамилии Рустицкий, Рустанов.

Есть и вторая, менее вероятная версия. В тюркских языках встречается имя Рустэм (вариант Рустама), а суффикс -ет мог быть уменьшительным или адаптационным. Тогда Рустетов — это русифицированная форма от Рустэм, то есть «сын Рустэма». Но эта гипотеза слабее, потому что фамилия не имеет характерных тюркских суффиксов (-ев, -ин здесь не показатель), а само имя Рустэм в русской среде давало бы скорее Рустамов или Рустемов.

Географически фамилия встречается крайне редко, в основном в центральной России и Поволжье, что косвенно подтверждает её семинарское происхождение: именно там было много духовных училищ, где давали «книжные» фамилии. Сословно носители Рустетовы, скорее всего, происходили из духовенства или мещан, а не из дворянства.

Таким образом, наиболее правдоподобное объяснение: Рустетов — искусственная фамилия, образованная от латинского rusticus через форму Rustetus. Её давали в семинарии выходцам из сельской местности. Спорных версий здесь немного, и альтернатива с тюркским именем уступает по логике словообразования.