Фамилия Рустикова образована от мужского личного имени Рустик, которое пришло в православную традицию из латыни. Исходное латинское слово rusticus переводится как «деревенский», «сельский». В христианском календаре это имя закрепилось благодаря святому мученику Рустику, пресвитеру, казненному за отказ отречься от Христа; его память отмечается 3 октября. Таким образом, в основе фамилии лежит не прозвище, а именно каноническое имя, что делает версию о крестильном происхождении наиболее вероятной.

Менее убедительна гипотеза, связывающая фамилию со словом «рустик» в значении «архитектурное украшение», заимствованным из французского. Сторонники этой версии предполагают, что прозвище Рустик мог получить зодчий или мастер, занимавшийся декоративной отделкой зданий. Однако такая трактовка уязвима: слово с подобным значением в русских говорах практически не фиксируется, а его употребление в качестве личного прозвища маловероятно. К тому же имя Рустик в святцах было хорошо известно, поэтому церковное происхождение фамилии не требует дополнительных объяснений.

Суффикс -ов- в окончании фамилии указывает на типичную для русских фамилий модель притяжательности: Рустикова — это «дочь или жена человека по имени Рустик». Сама фамилия в такой форме, с ударением на втором слоге, встречается редко, что говорит о сравнительно позднем оформлении рода или о его локальном распространении. Точное место и время возникновения фамилии можно установить только через генеалогические разыскания, поскольку процесс закрепления фамилий в разных слоях населения растянулся на несколько столетий.