Фамилия Рустиков — редкий пример русской фамилии, образованной от полной формы канонического имени, а не от его просторечной или уменьшительной версии. В её основе лежит мужское личное имя Рустик, которое пришло в православный именослов из латыни: Rusticus переводится как «деревенский», «сельский». Это имя носил святой мученик Рустик, пресвитер, казнённый за отказ отречься от Христа; его память церковь отмечает 3 октября. Именно крестильное имя, а не прозвище, чаще всего становилось основой для фамилий в среде духовенства и простых крестьян, поэтому версия о происхождении от имени Рустик выглядит наиболее убедительной.

Суффикс -ов в фамилии указывает на типичную для русской ономастики притяжательную модель: Рустиков буквально означает «сын Рустика». Такая форма говорит о том, что фамилия закрепилась в среде, где имя отца использовали без изменений, без привычных уменьшительных суффиксов -к-, -очк-, которые обычно дают формы вроде Рустиков от Рустика, но здесь основа осталась нетронутой, что само по себе необычно для разговорной традиции. Чаще крестильное имя в быту сокращали, но в данном случае фамилия сохранила архаичный, полный вариант.

Менее вероятная версия связывает фамилию с прозвищем Рустик, которое могло возникнуть от слова «рустик» — так в архитектуре называли французское зодческое украшение, грубо обработанный камень или кладку с выступами. Если следовать этой гипотезе, прозвище относилось к «профессиональным» именованиям: так могли прозвать зодчего, каменщика или человека, причастного к строительному делу. Однако эта версия выглядит вторичной: в русских говорах слово «рустик» в архитектурном значении было узкоспециальным, заимствованным, и вряд ли могло стать народным прозвищем, тогда как церковное имя Рустик было широко известно благодаря святцам.

Сама фамилия крайне редкая. В отличие от массовых Ивановых или Петровых, Рустиковы не образовали обширных родовых гнёзд, что типично для фамилий, произошедших от редких святых имён. Носители фамилии могли принадлежать к разным сословиям: и к духовенству, где имя Рустик почиталось особо, и к крестьянству, где церковные имена нередко давали в честь малоизвестных мучеников. В любом случае, фамилия Рустиков — это живое напоминание о латинском слове, которое через византийскую традицию и русские святцы дошло до наших дней, сохранив в почти нетронутом виде своё исходное звучание.