Фамилия Рустина — редкий случай, когда перед нами, скорее всего, не патроним (фамилия от имени отца), а фамилия, образованная напрямую от женского имени или прозвища. Основа здесь — «Руст», которая может восходить к латинскому «rusticus» — «сельский, деревенский, простой». В этом случае фамилия могла означать «принадлежащий Русте» или «происходящий от человека по прозвищу Руста».

Однако есть и другая, более вероятная версия. В русской ономастике фамилии с окончанием -ина часто образуются от женских имён, особенно если речь идёт о внебрачных детях или о фамилиях, закреплённых за женщинами (например, вдовами). Женское имя Рустина — это вариант канонического имени Рустика (от того же латинского корня), которое встречалось в святцах. В таком случае фамилия Рустина могла быть дана ребёнку, чью мать звали Рустина, или же быть «вдовьей» фамилией, закреплённой за женской линией рода.

Географически фамилия встречается крайне редко, что указывает на её позднее происхождение или на единичный случай возникновения. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, модель с -ина в качестве основы от женского имени была характерна для южнорусских и украинских территорий, а также для некоторых слоёв духовенства, где давали «искусственные» фамилии от латинских корней.

Таким образом, предки носителя фамилии Рустина, скорее всего, не были связаны с каким-то ремеслом или прозвищем, а получили фамилию либо по матери (вдове или незамужней женщине), либо по имени матери, которое, в свою очередь, отсылало к латинскому слову «деревенский». Это редкий пример фамилии, где женское имя стало основой, а не мужское.