Фамилия Рустынов — редкий случай, когда прозвищная основа почти наверняка не связана с русским языком. Если отбросить суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Рустына), в корне остаётся имя Рустын. В русской традиции такого крестильного имени нет, зато оно встречается у тюркских народов.

Самая вероятная версия: Рустын — это адаптированная на русской почве форма арабского имени Рустам (Rustam). В эпосе «Шахнаме» Рустам — могучий богатырь, и имя было широко распространено у татар, башкир, казахов и других народов, исповедующих ислам. При переходе в русскую среду конечный согласный мог измениться: Рустам → Рустан → Рустын. Суффикс -ын (с твёрдой основой) встречается в фамилиях, образованных от имён на -а, -я, но здесь он мог закрепиться по аналогии с русскими формами вроде Ильин, Фомин.

Менее убедительна версия о связи с диалектным словом «руст» — возможно, искажённым «руст» (ржавчина) или «рустый» (рыжий, русый). Но такая гипотеза не подтверждается ни географией фамилии, ни данными словарей русских говоров. Фамилия Рустынов встречается крайне редко, в основном в Поволжье и на Урале — регионах, где веками жили татары и башкиры, принимавшие православие. Это косвенно подтверждает тюркское происхождение.

Таким образом, предок носителя фамилии Рустынов, скорее всего, был крещёным татарином или башкиром, которого в документах записали по отцу — Рустыну (Рустаму). Фамилия не дворянская и не крестьянская в классическом смысле: она могла появиться у ясачных людей или служилых татар, перешедших в русское подданство.