Фамилия Рустанов — редкий случай, когда географический разброс подсказывает основную версию происхождения. Встречается она в основном у русских, украинцев и татар, но корни скорее всего ведут в тюркскую языковую среду. Основа фамилии — имя Рустан, которое является адаптированной формой арабского имени Рустам (Рустем). В эпосе «Шахнаме» Рустам — могучий богатырь, поэтому имя на протяжении веков оставалось популярным у народов, испытавших влияние персидской и исламской культуры: татар, башкир, казахов, народов Кавказа. Попав в русскую среду, имя Рустан дало фамилию по стандартной модели: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Рустанов буквально означает «сын Рустана» или «из рода Рустановых».

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с прозвищем от диалектного слова «рустан» — так в некоторых южнорусских говорах могли называть румяного, краснощекого человека. Однако эта гипотеза слабее, потому что у слова нет широкого и устойчивого употребления в документах, а сама фамилия почти не встречается в исконно русских регионах вроде Новгородчины или Архангельской области.

Интересная деталь: если смотреть на написание, то фамилия Рустанов не имеет варианта «Рустамов» или «Рустемов», хотя это был бы более прямой путь от имени Рустам. Это говорит о том, что в основе лежала именно разговорная форма Рустан, которая бытовала в крестьянской или мещанской среде, а не книжная. По сословному составу среди Рустановых преобладали государственные крестьяне и однодворцы, особенно в регионах Поволжья, где русское население веками соседствовало с татарским. Сейчас фамилия остается довольно редкой, но встречается в Татарстане, Башкортостане, Оренбуржье и в среде потомков татарских переселенцев в Средней Азии.