Фамилия Рустин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. С первого взгляда видна латинская основа: rusticus значит «сельский, деревенский, простой». Однако напрямую крестьянское прозвище в русской среде — случай почти невозможный. Скорее всего, фамилия пришла из духовного сословия. В семинариях XVIII–XIX веков будущим священникам нередко давали звучные фамилии, образованные от латинских или греческих слов. Рустин могла возникнуть как искусственное «облагораживание» русской фамилии Русаков, Русинов или даже Рудаков — по созвучию с латинским корнем. Такой приём называли «переводом» фамилии на классический язык.

Есть и другая, более прозаичная версия. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Рустин — «сын Русти». А само имя Рустя могло быть краткой формой от канонического имени Рустик (от того же латинского rusticus). В святцах есть мученик Рустик, ученик апостола Павла, так что имя встречалось в православной традиции, хоть и редко. В этом случае фамилия — прямая отчество от крестильного имени, которое давали в честь святого.

Географически фамилия Рустин встречается точечно, в основном на юге России и в Поволжье. В дореволюционных метрических книгах её можно найти среди мещан и купцов — сословий, которые не чурались книжной образованности. В крестьянской среде латинская основа приживалась плохо, поэтому Рустины чаще оказывались горожанами или выходцами из духовенства. Единичные носители встречаются и среди потомственных дворян, но это скорее исключение, связанное с поздним получением фамилии по указу.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Русинов, Русанов — показывает, что Рустин стоит особняком. Если Русинов прямо указывает на этническую принадлежность («русский»), то Рустин уводит в латинскую учёность. Так что человек с этой фамилией, скорее всего, потомок либо семинариста, получившего «красивое» прозвище, либо редкого носителя имени Рустик. Точнее сказать без генеалогического исследования трудно: фамилия слишком редкая, чтобы уверенно выделить преобладающий вариант.