Фамилия Руткунас — редкий случай в русском ономастиконе, потому что она не славянская, а литовская. Её носители в России — это, скорее всего, потомки литовцев или выходцев из Великого княжества Литовского, которые оказались на русских землях в результате миграций или событий XIX–XX веков. Основа фамилии — литовское слово rutkus, которое в русской передаче часто записывали как «руткус». Оно восходит к rutulys — «шарик», «клубок», или к rutulioti — «катить», «сворачивать». В литовской антропонимике такие прозвища обычно давали человеку круглому, полному, либо тому, кто занимался изготовлением круглых предметов — например, колес или бочек.

Суффикс -ас (в русском написании — -ас) указывает на типичную литовскую модель фамилий. Он соответствует славянскому -ов/-ев и означает принадлежность: Руткунас буквально переводится как «Руткусов» или «сын Руткуса». Такие фамилии массово закрепились в Литве в XV–XVI веках, когда крестьяне получили наследственные прозвания. В русском языке окончание -ас часто оставалось без изменений, но иногда адаптировалось под женский род (Руткунене, Руткунайте). Встречается также вариант Руткун, отсечённый от полной формы.

В России фамилия Руткунас практически не распространена. Её можно найти в единичных записях в Москве, Санкт-Петербурге и Калининградской области — регионах, связанных с прибалтийским наследием. Известных носителей, оставивших след в истории, нет, что типично для фамилий, не попавших в дворянские или купеческие списки. Если ваш предок носил эту фамилию, он, вероятнее всего, был крестьянином или ремесленником из Жемайтии или Аукштайтии — исторических областей Литвы.

Сравните с литовскими фамилиями того же корня: Руткус (без суффикса), Руткявичюс (полонизированная форма с -евичюс), Руткаускас (с топонимическим -аускас). Руткунас стоит особняком — это архаичная патронимическая форма, которая почти не сохранилась в современной Литве, но могла закрепиться у эмигрантов. В русском языке её часто путают с фамилией Рутковский, но последняя — польская, от топонима Рутково.