Фамилия Руткова — женская форма, но в разговоре о происхождении обычно подразумевают мужской вариант Рутков, от которого она образована. В основе фамилии лежит либо имя, либо прозвище Рутко. Что это могло быть?

Первая и самая вероятная версия — корень «рут» восходит к древнерусскому или диалектному слову «рут» (или «руда»). В славянских говорах «рута» — это растение (рута душистая), а «рудый» — рыжий, красный. Прозвище Рутко могли дать человеку с рыжими волосами или румяным лицом. Суффикс -к- в прозвище (Рутко) — типичный уменьшительный или прозвищный, как у Степан → Степко, Пётр → Петько. Значит, Рутко — это «рыженький» или «красноватый».

Вторая версия — от канонического имени Рут (редкая форма имени Руф, от латинского «rufus» — рыжий). В православных святцах такое имя встречается, но было нечастым. В народной среде его могли переделать в Рутко.

Третья, менее распространённая гипотеза — связь с литовскими или балтскими корнями (ср. лит. «rūtas» — горький, или фамилия Rutkauskas). На западных территориях России (Смоленщина, Псковщина) фамилия Рутков могла возникнуть под балтским влиянием, но для центральной России первая версия убедительнее.

Суффикс -ов в фамилии Рутков указывает на принадлежность: «сын Рутка». Окончание -а в Руткова — стандартное для женщин, но в исторических документах (ревизских сказках, метриках) фамилия чаще фиксировалась в мужском роде.

Фамилия не относится к числу дворянских или аристократических. Скорее всего, предки носителя фамилии — крестьяне или мещане из центральных губерний России. Встречается она и у поляков (Rutkowski), но русская форма Рутков/Руткова — результат адаптации польского варианта или самостоятельного образования от прозвища. Географически фамилия рассредоточена, но чаще встречается в Тверской, Смоленской и Московской областях.

Итог: Руткова — это «принадлежащая Рутку», где Рутко — прозвище рыжего или румяного человека, реже — производное от редкого имени.