Фамилия Руткина — женская форма от Руткин, и её происхождение упирается в слово «рутка». Самая вероятная версия: в основе лежит нецерковное имя или прозвище Рутка. В русских говорах «рутка» — это уменьшительное от «рута», растения с сильным запахом, которое в народной культуре связывали с приворотами и защитой от нечисти. Прозвище Рутка мог получить либо травник, знахарь, либо человек, живший рядом с зарослями руты. Менее распространённая, но возможная версия — связь с диалектным «руткий» (проворный, бойкий), тогда прозвище описывало характер.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Руткин буквально значит «сын Рутки» или «человек из рода Рутки». Такая модель образования характерна для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин особенно часты. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще образовывались от имён на твёрдый согласный, -ин добавлялся к основам на -а, -я.

Географически фамилия редкая, её следы встречаются в Поволжье и на Урале. В метрических книгах Казанской губернии XIX века попадаются крестьяне Руткины — это согласуется с версией о прозвище от растения: рута в тех краях была известна как огородная и лекарственная культура. В дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение.

Однокоренных фамилий мало: Рутов, Рутовский — они образованы от полной формы имени или прозвища Рут, а Руткин «моложе» по суффиксу и более конкретен. Если ваш предок — Руткин, он, скорее всего, был человеком, которого в деревне знали по связи с травой рутой либо по живому, верткому нраву.