Фамилия Руткауска — яркий пример литовского наследия в русском ономастиконе. В отличие от большинства русских фамилий, она не заканчивается на -ов или -ин, а сохраняет форму, типичную для литовских фамилий женского рода. Основа здесь — прозвище или фамилия Руткаускас (Rutkauskas), которая в Литве встречается часто. Учитывая суффикс -аускас, можно говорить о происхождении от топонима или личного имени с корнем Rut-.

Корень Rut- в литовском языке восходит к слову «rūtas» — «горький», «суровый» или к названию растения рута (rūta), которое в балтийской культуре символизировало молодость и девичество. Но более вероятна связь с фамилией Руткаускас, образованной от старого литовского имени Рутка (Rutka) — уменьшительной формы от имён вроде Рута или Руткус. Такие имена давали по внешности или характеру: «горький», «терпкий» человек.

Географически Руткауска встречается в основном на северо-западе России, в областях, граничащих с Литвой и Беларусью: в Псковской, Смоленской, Калининградской областях. Это указывает на миграцию литовского населения в XVII–XIX веках, когда многие литовцы переселялись вглубь Российской империи, сохраняя свои фамилии в неизменном виде. В русской среде окончание -а закрепилось как женская форма, хотя изначально носитель мог быть и мужчиной (по литовской системе фамилий мужского рода — Руткаускас).

С точки зрения словообразования, суффикс -аускас — типичный литовский патронимический показатель, аналогичный русскому -ович или польскому -ski. Он указывал на принадлежность к роду или месту: Руткаускас — «сын Рутки» или «родом из местности Руткай». В русском языке эта конструкция превратилась в неизменяемую фамилию Руткауска, что редкость: обычно такие фамилии склоняются, но здесь они застыли в форме именительного падежа женского рода.

В дореволюционных метрических книгах фамилия могла писаться с вариациями: Руткаускас, Рутковский или даже Руткаускайте (для незамужних женщин). Однако именно форма Руткауска закрепилась в советских паспортах как упрощённый вариант. Социальный контекст: носители фамилии в XIX веке часто были крестьянами или мещанами, так как литовская шляхта обычно русифицировала фамилии до Рутковских. Простой народ сохранял балтийское звучание.