Фамилия Руйнова — женская форма от Руйнов, а та, в свою очередь, образована от мужского прозвища или нецерковного имени Руй. В русской ономастике это довольно редкая основа. В отличие от ходовых фамилий на -ов/-ев, которые часто происходят от профессий или крестильных имён, здесь мы имеем дело с прозвищем, скорее всего, описательным.

Сам корень «руй» в русских говорах имеет несколько значений, и это как раз тот случай, когда стоит рассмотреть две версии. Первая и самая вероятная: в диалектах северных и центральных областей «руй» означало «шум», «гам», «суета», а также «толпа» или «рой». Отсюда прозвище Руй могли дать человеку шумливому, беспокойному, или же тому, кто работал в большом скоплении народа — например, на ярмарке или в артели. Вторая версия, менее распространённая, связывает основу с глаголом «руить» (лить, течь струёй) — в этом случае прозвище могло относиться к водяной мельнице или к человеку, который льёт воду (метафорически — пустомеля). Однако первое значение, связанное с шумом и роем, встречается в источниках чаще.

Суффикс -ов указывает на типичную модель русского отчества: Руйнов буквально означает «сын Руя». Фамилия фиксируется в основном в центральных и северных регионах России, но в силу редкости основы не имеет ярко выраженного географического «гнезда», как, скажем, фамилии на -их. Встречается она нечасто, и это делает её ценной для локальной истории: носители Руйновы, скорее всего, происходят из одной или нескольких соседних деревень.

С точки зрения социального происхождения, фамилия не даёт прямых указаний на дворянство или духовенство — это типичная крестьянская или посадская фамилия, образованная от бытового прозвища. Если ваш предок носил фамилию Руйнов, то, вероятно, он был либо человеком деятельным и шумным, либо жил в местности, где «руй» означал что-то конкретное, например, название ручья или урочища. В любом случае, это редкий случай, когда фамилия сохранила почти утраченное диалектное слово.