Фамилия Рыбушкин образована от прозвища Рыбушка. В русских говорах «рыбушка» — это ласкательное название рыбы (как «голубушка» или «касатушка»). Такое прозвище могли дать человеку по нескольким причинам. Самая очевидная — профессиональная: предок мог быть рыбаком, торговцем рыбой или жить у рыбного промысла. Но не менее вероятно, что прозвище носило иносказательный характер: «рыбушкой» в деревнях иногда называли скользкого, увёртливого человека или, наоборот, молчаливого, «немого как рыба».

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: суффикс -ин указывает на принадлежность. Рыбушкин — буквально «сын Рыбушки» или «человек из семьи Рыбушки». Это типичная патронимическая фамилия, характерная для северных и центральных областей России, где суффикс -ин был особенно распространён (сравните: Рыбин, Щукин, Ершов). В отличие от фамилий на -ов, которые чаще образовывались от имён и прозвищ на твёрдый согласный, -ин крепился к основам на -а/-я.

Любопытно, что в XIX веке фамилия Рыбушкин встречалась не только у крестьян, но и у мещан и купцов. Например, в Казанской губернии известен купеческий род Рыбушкиных, торговавший рыбой — здесь прозвище переросло в фамилию без отрыва от ремесла. В других регионах, вроде Саратовской или Вятской губерний, Рыбушкины фиксируются как крестьяне и однодворцы.

С точки зрения редких деталей, стоит обратить внимание на то, что фамилия Рыбушкин — не единственная «рыбная» в русском ономастиконе. Однако её отличает именно ласкательная форма основы. В отличие от фамилий Рыбаков (прямо указывающих на профессию) или Рыбин (от более нейтрального «рыба»), Рыбушкин сохраняет оттенок уменьшительности, почти нежности. Это могло быть как домашним прозвищем, так и ироничным — в зависимости от того, с какой интонацией называли человека.

В современных справочниках фамилия не считается редкой, но и не входит в число самых распространённых. Её носители живут в основном в Поволжье, на Урале и в Сибири, куда фамилия попала с переселенцами.