Фамилия Рюбакова — женская форма фамилии Рюбаков, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или именем Рюбак. Основа здесь — «Рюб-», которая сразу же вызывает вопросы, потому что в русском языке нет очевидного слова с таким корнем. Это и есть ключ: скорее всего, перед нами не исконно русская основа, а заимствованная или диалектная.

Вероятнее всего, корень восходит к немецкому или голландскому слову «Rübe» — репа. В русских говорах, особенно на северо-западе и в областях, где были контакты с немцами (например, в Петербургской губернии или среди колонистов Поволжья), «рюба» или «рюбка» могло означать человека с круглым лицом, коренастого, либо того, кто занимался огородничеством, выращивал репу. Прозвище Рюбак (или Рюба) давали по внешности или роду занятий, а суффикс -ак указывал на деятеля или носителя признака. Сравните: «толстяк» от «толстый», «рыбак» от «рыба». Рюбак — «тот, кто связан с рюбой».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с личным именем Рюрик через уменьшительную форму Рюря, Рюба. Однако для фамилии Рюбакова это была бы очень редкая модель образования, и в ономастических источниках (например, в словаре Б. Унбегауна) такие случаи не фиксируются как типичные. Поэтому версия с репой и немецким влиянием выглядит убедительнее.

Географически фамилия Рюбаковы встречаются в основном в центральных и северо-западных регионах России, с заметной концентрацией в Ленинградской, Псковской и Новгородской областях. Это косвенно подтверждает версию о контактах с немецкоязычным населением, которое активно селилось в этих краях при Петре I и Екатерине II.

Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами, но не исключено, что среди них могли быть и мастеровые, работавшие на немецких мануфактурах. Суффикс -ов в мужской форме — стандартный для русских фамилий, образованных от прозвищ, и указывает на принадлежность («чей сын?» — «Рюбаков»), то есть сын Рюбака.