Фамилия Рюпин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа «рюп-» не встречается ни в древнерусских именах, ни в распространённых прозвищах, поэтому здесь приходится выбирать между двумя версиями, и одна из них значительно убедительнее.

Самое простое объяснение — связь с глаголом «рюпать» или «рюмить», что в некоторых говорах означало «плакать, хныкать, капризничать». В этом случае Рюпа — прозвище плаксивого, обидчивого человека. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Рюпин, то есть сын или потомок Рюпы. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от личных прозвищ, и фонетически безупречна: основа «рюп-» даёт естественное притяжательное прилагательное.

Вторая, более экзотическая версия выводит фамилию от слова «рюпина» — так в некоторых южных и западных диалектах называли рубец, шрам, морщину, складку кожи. Тогда прозвище Рюпа могли дать человеку с заметным шрамом или морщинистым лицом. Эта гипотеза лингвистически возможна, но менее вероятна: слова с корнем «рюп-» в значении «неровность» встречаются в русских говорах редко и локально, а прозвища по внешним приметам чаще образовывались от более употребительных корней (например, «Рябой», «Шрам»).

С точки зрения географии фамилия Рюпин не привязана к какому-то одному региону, но в переписях XVIII–XIX веков она изредка фиксируется в центрально-чернозёмных губерниях (Тамбовская, Воронежская) и на севере (Вологодчина). Это может говорить о том, что прозвище Рюпа бытовало в разных диалектных зонах независимо.

В любом случае, перед нами типичная «прозвищная» фамилия, образованная по стандартной русской модели. Её носители, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — в дворянских родословных Рюпины не встречаются, и это косвенно подтверждает народное, бытовое происхождение прозвища.