Фамилия Сабканюк — пример украинской модели фамильного образования с суффиксом -юк, который указывает на «малого», потомка или ученика человека, чьё имя или прозвище легло в основу. В украинской ономастике суффикс -юк распространён на западе, особенно в Волынской, Ровенской, Хмельницкой областях, а также в приграничных районах Беларуси. Если фамилия не была искусственно изменена при паспортизации, её носители, скорее всего, происходят именно оттуда.

Основа «Сабкан» — спорная. Наиболее вероятная версия: это производное от прозвища Сабка, которое, в свою очередь, восходит к диалектному «саба» — «собака» (в украинских говорах, особенно на Западной Украине, «саба» или «сабка» — уменьшительное от «собака»). Прозвища, связанные с собакой, в славянской традиции не обязательно несли негативный оттенок: их давали за верность, охранительные качества, внешнее сходство (например, «собачья» хватка или густая шерсть). Менее вероятно, хотя и возможно, что основа восходит к личному имени Савка (уменьшительное от Савва), где «в» перешло в «б» под влиянием говора — это редкое, но фиксируемое в диалектах явление.

Фамилия не встречается в старых дворянских родословных книгах и не имеет аристократического происхождения. Типичная крестьянская или казацкая фамилия, которая закрепилась в XIX веке при массовом учёте населения. Её редкость (по открытым данным, в России и Украине насчитывается не более нескольких сотен носителей) говорит о локальном характере: скорее всего, предки жили в одном или двух соседних сёлах, и фамилия не распространилась широко за пределы региона.

Если сравнивать с однокоренными — Сабкан, Сабко, Сабковский — то Сабканюк стоит особняком: суффикс -юк здесь не уменьшительный, а патронимический, то есть буквально «сын Сабкана» или «потомок Сабкана». Это указывает, что прозвище Сабкан (или Сабка) было не просто бытовым, а закрепилось как родовое имя ещё до появления фамилий.