Фамилия Саботковская — женская форма польского или белорусского типа, образованная с помощью суффикса -ск-/-цк-, который указывает на принадлежность к местности или роду. В мужском варианте фамилия звучала бы как Саботковский. Такие фамилии в XVI–XVIII веках чаще всего получали шляхтичи, владевшие землёй, или люди, переехавшие из одного села в другое и названные по прежнему месту жительства.

Корень «Саботк-» скорее всего восходит к слову «сабатка» — в польских и белорусских говорах так называли субботу (от латинского sabbatum). В старину суббота была не только днём отдыха, но и базарным днём, днём уборки и стирки. Прозвище Саботка могли дать человеку, родившемуся в субботу, или тому, кто устраивал субботние торги, либо даже тому, кто по каким-то причинам не работал по субботам (например, соблюдал шабаш). Встречается и другое значение: в некоторых регионах «саботка» — это вид обуви или лаптя, но такая версия менее распространена.

Географически фамилия Саботковский/Саботковская характерна для восточных земель Речи Посполитой — современной Беларуси, восточной Польши и западной Украины. В России она встречается редко, чаще у потомков переселенцев из этих регионов после разделов Польши в конце XVIII века или в ходе миграций XIX–XX столетий.

Стоит заметить, что фамилия не имеет отношения к слову «саботаж» — это более позднее заимствование из французского, которое пришло в русский язык только в XIX веке. А вот с фамилиями Соботка, Соботковский у Саботковской общий корень, только с разной огласовкой: в польском языке «o» и «a» в безударной позиции могли меняться, особенно при записи фамилий в российских документах. Поэтому не удивляйтесь, если в старых метрических книгах один и тот же человек записан то как Саботковский, то как Соботковский.

Итак, носительница фамилии Саботковская может быть потомком мелкой шляхты или крестьян с территории современной Беларуси, а её предок когда-то получил прозвище по дню недели — субботе.