Фамилия Саекешова звучит непривычно для русского уха, и это не случайно: её основа — тюркская, а русский суффикс -ов- указывает на то, что фамилию адаптировали по стандартной модели русской документации (преимущественно среди крещёных или оседлых тюркских народов). В центре фамилии лежит мужское имя Саекеш (или Саекеш, возможны варианты произношения), которое, скорее всего, сложное: первая часть «сай» в тюркских языках часто означает «счётный», «почётный», «господин» или «выбирающий» (ср. казахское «сай» — «отборный», «лучший»), а «кеш» может восходить к «кеш» (поздний, вечер) или к «кеше» (вчера, прошлое). Однако правдоподобнее, что «кеш» — это искажённое «кесе» (чаша, пиала) или «кыш» (зима). Тогда имя Саекеш могло означать «почётная чаша» или «зимний господин» — типичное для тюркской антропонимики прозвище-пожелание, данное по какому-то событию или свойству.

Суффикс -ов- в фамилии Саекешова — не родовой тюркский, а привнесённый русской административной практикой XIX–XX веков. В исходной тюркской среде (например, у казахов, киргизов, татар) фамилия могла бы звучать как Саекеш или Саекешов, но женская форма Саекешова закрепилась в паспортах. Географически фамилия встречается в основном в Казахстане и на юге Западной Сибири, среди казахов и, возможно, у нотайцев. Редкость фамилии говорит о том, что родоначальник был либо единственным носителем такого имени в своём ауле, либо имя дали в честь уважаемого человека — «саекеша» (выборного старшину или судью на народном собрании).

С точки зрения словообразования, фамилия не имеет русской притяжательной основы (типа «чей?» — «Саекешев»), а образована от имени напрямую. Это типично для фамилий, которые записывали со слов носителя в метриках или при переписи без переосмысления. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то можно вспомнить Саеков (от «сай» — «галька» или «ручей») или Кешев (от «кеше» — «вчера»), но Саекешова стоит особняком: двойная основа встречается реже и часто указывает на составное прозвище, которое не успело стереться до односложного.

Вероятно, предок носительницы фамилии был человеком заметным в своей общине: либо выборным лицом (от «сай» — «избранный»), либо имел отношение к зимнему времени года (от «кыш»), либо владел чашей как символом гостеприимства (от «кесе»). Точную версию без генеалогического исследования назвать сложно, но ясно одно: фамилия Саекешова — живой след тюркского именослова, который русская письменность зафиксировала почти без изменений.