Фамилия Саекенов — наглядный пример того, как по суффиксу можно определить не только регион происхождения, но и эпоху, когда фамилия закрепилась. Формант -ов указывает на русскую модель фамилии, но сама основа — явно тюркская. Перед нами типичная «русская фамилия тюркского происхождения», каких много в Поволжье, на Урале и в Казахстане. Окончание -ов вместо казахского -ұлы или -қызы говорит о том, что фамилию фиксировали в документах Российской империи, чаще всего во время переписей или рекрутских наборов.

Корень «Саекен» — это, скорее всего, вариант личного имени Сакиен или Саеке. В тюркских языках, особенно в казахском, имя могло быть образовано от арабского «Саки» (поклоняющийся, богобоязненный) с добавлением уменьшительно-ласкательного аффикса -ен/-ке. То есть Саекен — это «маленький Саки» или «Саки, наш». Такая модель характерна для домашних, внутрисемейных имён, которые затем становились официальными. Встречается и версия, что основа восходит к слову «сауық» (веселье, праздник), но фонетически это менее вероятно — в казахском «с» и «с» различаются.

С точки зрения социальной истории, носители фамилии Саекенов — это, как правило, потомки казахов или татар, которые в XIX — начале XX века получили фамилию по отцу (по имени деда или отца) при записи в метрические книги или ревизские сказки. Фамилия не дворянская и не купеческая, а «народная», крестьянская или скотоводческая. Она не несёт указания на ремесло или сословие — только на родство.

Интересная деталь: в некоторых документах начала XX века встречается написание «Саикенов» или «Саекенев». Это не ошибка, а следствие того, что русские чиновники на слух передавали тюркские звуки, которых нет в русской фонетике. Вариант «Саекенов» закрепился как самый частый, но его «родственники» — фамилии Саиков, Сакиев, Сагинтаев — имеют ту же основу, но другие суффиксы.

Сегодня фамилия Саекенов встречается в основном в Казахстане, а также в приграничных регионах России — Оренбургской, Астраханской областях. Встретить её в средней полосе России можно, но редко: это почти всегда следствие миграции XX века.