Фамилия Сакенов — одна из тех русских фамилий, в основе которой лежит не славянское, а тюркское имя. Её ядро — личное мужское имя Сакен. В казахском и других тюркских языках это имя имеет прозрачную этимологию: оно восходит к арабскому «сакин» — «спокойный», «уравновешенный», «почтенный». В переносном смысле так могли назвать ребёнка, желая ему степенного, достойного нрава. Встречается и версия, что Сакен — форма имени Саки, которое в свою очередь связано с древним тюркским словом «сак» — «осторожный», «бдительный».

Русский суффикс -ов, присоединённый к основе, указывает на стандартную модель образования фамилий в среде русского дворянства, купечества и крестьянства в XIX веке: «чей?» — «сын Сакена». Таким образом, Сакенов — это «потомок человека по имени Сакен». Фамилия не принадлежит к числу редких, но и массовой не стала: она характерна для регионов со смешанным русско-тюркским населением — Поволжья, Южного Урала, Западной Сибири и, конечно, Казахстана (в русской записи).

Интересно, что в отличие от многих фамилий на -ов, образованных от календарных (церковных) имён, Сакенов — это результат межэтнического контакта. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были крещёными татарами, башкирами или казахами, либо русскими, жившими в тесном соседстве с тюрками и перенявшими местное имя для ребёнка. В документах XVIII–XIX веков встречается двойное написание: Сакенов и Сакенев; второй вариант — с «е» в суффиксе — мог возникнуть под влиянием мягкого произношения конечного «н» в имени Сакень.

В ономастическом словаре Б. О. Унбегауна «Русские фамилии» эта модель не выделяется отдельно, но она вписывается в большой пласт фамилий от тюркских заимствований. Единственное, что стоит подчеркнуть: фамилия Сакенов не имеет отношения к слову «сак» (мешок) или к названию древнего народа саков — это народная этимология, не подтверждённая историей языка. Реальная основа — именно имя с арабским корнем, адаптированное в тюркской среде.