Фамилия Сакеева — женская форма, мужская — Сакеев. В основе фамилии лежит нецерковное имя или прозвище Сакей. Словообразовательная модель проста: к основе Сакей- добавляется типичный русский патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Сакеев, то есть сын Сакея). Суффикс -ев, а не -ов, ставится после мягкого согласного или й, что здесь и происходит.

Происхождение самого имени Сакей — предмет спора, и единой версии нет. Наиболее вероятно, что это вариант крестильного имени Исаакий (древнееврейское «смеющийся»). В народной речи имя Исаакий нередко сокращали и переделывали: Исакий — Сак — Сакей. Такое стяжение характерно для русской ономастики: от Иоанн получили Иван, от Исаакий — Сакей. В этом случае фамилия Сакеев — типичный «полуотчество» от канонического имени.

Менее распространённая версия связывает Сакей с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках «сак» означает «осторожный», «бережливый», а суффикс -ей мог образовывать прозвище. Однако в пользу славянской версии говорит география фамилии. Сакеевы (и Сакеевы) встречаются в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Архангельской губерниях, где тюркское влияние минимально. Там же, в Вологодчине, зафиксированы и однокоренные фамилии: Сакин, Саков, Сакичев.

Таким образом, предки современных Сакеевых, скорее всего, были русскими крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по имени своего предка — Сакея, который в свою очередь был назван в честь святого Исаакия. Фамилия редкая, недворянская, что подтверждается отсутствием в родословных книгах.