Фамилия Саукенов — яркий пример фамилии тюркского происхождения, образованной по русской модели. Её основа восходит к мужскому имени Саукен, которое, в свою очередь, является производной формой от более древнего имени Саук. В казахском, татарском и башкирском языках имя Саук (или Сауык) имеет значение «холодный», «прохладный», «свежий». В переносном смысле такое имя могли дать ребенку, родившемуся в холодное время года, или же как пожелание спокойного, уравновешенного нрава, «холодной» рассудительности. Аффикс -ен в составе Саукен — это уменьшительно-ласкательный суффикс, характерный для тюркских языков, поэтому Саукен — это «маленький Саук» или «Саук с лаской».

Сам же корень Саук не единичен в тюркской ономастике. Можно вспомнить историческое имя Саук-Тимур (один из ханов Золотой Орды), где «Саук» выступает как часть составного имени. Встречаются и более редкие фамилии, образованные от той же основы, например, Сауков, но Саукенов отличается именно наличием промежуточного звена — имени Саукен. Это указывает на то, что предок носителя фамилии был известен в своей общине не как Саук, а как Саукен, то есть, вероятно, был младшим в роду или его так называли в быту.

Русский суффикс -ов, добавленный к основе Саукен, стандартно оформляет фамилию по патронимическому принципу, то есть «сын Саукена». Такая модель стала массовой в XIX–XX веках, когда тюркские народы в составе Российской империи принимали русские фамилии. Географически фамилия Саукенов наиболее распространена в Казахстане, особенно в северных и центральных регионах, а также среди казахов, проживающих в Оренбургской и Астраханской областях России.

Сословная принадлежность первых носителей, скорее всего, была крестьянской или скотоводческой. В среде кочевников и полукочевников прозвища и имена, связанные с природными явлениями, были обычным делом. Фамилия не содержит указаний на знатное происхождение или принадлежность к военному сословию, поэтому можно предположить, что предки Саукеновых были рядовыми общинниками, для которых имя Саук было скорее личным оберегом или характеристикой, чем титулом.