Фамилия Слекенов — редкий случай, где корень, скорее всего, не славянский, а тюркский. В отличие от большинства русских фамилий на -ов, образованных от крестильных имён или прозвищ, основа «Слекен» почти наверняка восходит к тюркскому личному имени или прозвищу. Суффикс -ов здесь — стандартный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность («чей?»), то есть Слекенов буквально означает «сын Слекена» или «потомок Слекена».

В тюркских языках (особенно казахском, башкирском, татарском) имя Слекен (варианты: Слиген, Слегем) — производное от корня «слек» или «слег», что связано с понятием «гладкий», «ровный», «стройный». В ряде диалектов это слово могло означать «поджарый», «сухощавый» или даже «ловкий». Таким образом, первым носителем прозвища мог быть человек с характерной статью или манерой движения. Версия о связи с русским словом «слека» (диалектное название рыбы или растения) маловероятна: таких фамилий почти не зафиксировано, а географическое распространение Слекеновых указывает на Поволжье и Южный Урал — зону активного русско-тюркского пограничья.

Интересная деталь: фамилия почти не встречается в центральных областях России. Её очаги — Оренбуржье, Башкортостан, Челябинская область. Это наводит на мысль, что предки носителей фамилии были из числа крещёных татар, башкир или казахов, перешедших в православие и получивших фамилию по отцовскому имени. В документах XVIII–XIX веков такие фамилии часто фиксировались с колебаниями в написании: Слекенов, Слегемов, Слигенов. Единого написания не было до советской паспортизации.

Словообразовательная модель проста: тюркское имя + русский суффикс -ов. Это типично для так называемых «полурусских» фамилий, где основа осталась нерусской, а оформление — чисто славянским. Сословная принадлежность предков могла быть разной — от государственных крестьян до казаков, но однозначных данных о дворянстве или купечестве нет. Фамилия не входит в списки столбового дворянства, что подтверждает её «позднее» происхождение (не ранее XVII века) из среды новокрещёных.