Фамилия Сулекенов — нечастая, и её происхождение стоит искать не в славянских корнях, а в тюркских языках, скорее всего, в казахском или башкирском. Основой послужило личное имя или прозвище Сулекен. В тюркской ономастике формант -кен/-ген часто образует уменьшительно-ласкательные или «сыновьи» имена (ср. Еркен, Жанкен). Таким образом, Сулекен — это «маленький Сулу» или «сын Сулу». Имя Сулу (от тюркского «сулу» — красивый, прекрасный) было широко распространено как женское, но могло встречаться и как мужское прозвище, особенно в уменьшительной форме.

Русский суффикс -ов в фамилии указывает на типичную модель адаптации тюркских имен в русской среде: «чей?» — Сулекенов, то есть потомок Сулекена. Такие фамилии массово возникали в XIX — начале XX века при переходе кочевого и полукочевого населения к оседлости и фиксации фамилий по отцу. Географически фамилия должна быть привязана к регионам с сильным тюркским субстратом: Оренбуржье, Западный Казахстан, Башкортостан, возможно, Астраханская область.

С точки зрения словообразования, интересна двойная «русификация»: сначала тюркское имя получило уменьшительный суффикант -кен, а затем к нему добавили русский патронимический суффикс -ов. Это делает фамилию характерным примером межкультурного контакта, когда исходное значение (от «красивый») почти стёрлось, уступив место указанию на родство. Встречаются однокоренные фамилии — Сулеков, Сулейманов (от другого корня), но Сулекенов выделяется именно редкой формой основы. Носители фамилии — почти наверняка потомки человека, которого в своём окружении называли ласково или по отцу: Сулекен.