Фамилия Саиганданов — редкий пример, где тюркская основа соединилась с русским патронимическим суффиксом. Её ядро — имя или прозвище Саигандан. Разобрать его можно по-разному, и оба варианта ведут в одну культурную среду, скорее всего, к татарам или башкирам.

Первый вариант: основа восходит к арабскому имени Саид (счастливый, господин) через тюркское посредничество. Форма Саигандан могла возникнуть как сложение «Саи» (усечённое Саид) и «гандан» — искажённого «хан» с аффиксом принадлежности («дан» как «от рода»). Тогда фамилия означала бы «потомок Саид-хана» или «из рода Саида-хана». Такая модель характерна для ономастики народов Поволжья и Урала, где арабские имена переплетались с тюркскими титулами.

Второй вариант: «Саиган» — это тюркское имя или прозвище от глагола «саю» (считать, почитать) с аффиксом -ган, дающим значение «тот, кого почитают». Окончание «-дан» в этом случае — тот же патронимический формант, но уже не титульный, а просто указывающий на происхождение: «из рода Саигана». Тогда Саиганданов — буквально «сын Саигана».

Суффикс -ов в конце — чисто русское добавление, которое закрепило фамилию в официальных документах после крещения или переписи. В быту, особенно в татарской среде, до XIX века носители могли называть себя просто Саигандан, без русского окончания. Географически фамилия тяготеет к Оренбуржью, Башкортостану и Татарстану — регионам, где смешивались тюркские и славянские антропонимические традиции.

Сословно предки Саигандановых, скорее всего, были из служилых татар или тептярей — категории населения, платившей ясак, но не крепостной. Встречается фамилия и у башкир, где «Саигандан» могло быть родовым прозвищем, указывающим на старшинство или уважение в общине. Однокоренных фамилий в русском ономастиконе почти нет, что подчёркивает её локальный, почти штучный характер.