Фамилия Саиганданова — редкая, её основа явно тюркская, а суффикс указывает на русскую модель оформления. В русской традиции фамилии на -ов/-ев и -ин образуются от имён, прозвищ или профессий отца. Здесь суффикс -ов (в женском роде -ова) присоединён к основе, которая не является типичным русским именем.

Корень фамилии — «Саигандан». Скорее всего, это сложное имя или прозвище, состоящее из двух частей: «Саи» и «Гандан». Первая часть восходит к арабскому «саид» (счастливый, господин) или к тюркскому «сай» (галька, каменистое русло, а также в переносном смысле — «чистый», «прозрачный»). Вторая часть — «Гандан» — может быть вариантом имени Гандан, распространённого у народов Центральной Азии (от санскритского «гандха» — благоухание, аромат, также название буддийского монастыря). В тюркских языках, особенно у казахов, башкир, татар, встречаются двусоставные имена, где первая часть — пожелание или характеристика, а вторая — имя собственное или религиозный термин.

Таким образом, Саигандан могло быть личным именем или прозвищем, которое дали человеку с пожеланием счастья и благополучия, связанным с образом ароматного, чистого источника. Встречаются также варианты написания через «х» — Саихандан, что усиливает арабскую версию первой части.

Вероятнее всего, предок носителя фамилии был человеком, которого звали Саигандан (или Саигандан-бай, если он был зажиточным). Фамилия закрепилась за его потомками в русской среде, когда крестьяне или служилые люди из тюркских народов получали фамилии по отцу. Географически фамилия тяготеет к регионам Поволжья (Татарстан, Башкортостан) или к южным областям России, где сильны тюркские корни. Встречается она крайне редко, что говорит о локальном происхождении — возможно, от одной семьи или небольшого рода.