Фамилия Сайганданов — редкий случай, когда географическая привязка оказывается надёжнее, чем прозрачная этимология. Она почти наверняка указывает на происхождение из Башкортостана или соседних регионов Урала. Основа фамилии — башкирское или татарское имя Сайгандан, которое, в свою очередь, образовано от двух корней. Первый, «сай» (сайын), означает «каждый», «всякий» или «избранный». Второй корень — «гандан» (гайндан) — более сложный: это форма причастия от глагола со значением «быть», «существовать» или «становиться». В совокупности имя Сайгандан можно перевести как «всегда существующий», «вечный» или, что правдоподобнее для прозвища, «постоянный», «неизменный» — характеристика человека с устойчивым характером.

Суффикс «-ов» в конце — типичный русский патронимический суффикс, который добавили при оформлении фамилии по русской модели в XVIII–XIX веках. Это означает, что предок носителя фамилии был известен под именем Сайгандан, а его потомки стали Сайгандановыми. Интересно, что в башкирском языке фамилии часто образовывались без такого суффикса (просто Сайгандан), но при записи в метрические книги или ревизские сказки русские чиновники добавляли «-ов» для единообразия.

Встречается фамилия в основном в Башкортостане, в частности в Абзелиловском и Баймакском районах, а также среди башкир Оренбургской области. Вариант с ударением на второй слог (Сайга́нданов) более распространён, хотя в устной речи можно услышать и на третий. Других версий происхождения, кроме тюркской, у этой фамилии нет — попытки связать её с русским словом «сайгак» или «ганда» (как «рука» на санскрите) лишены лингвистического смысла и не подтверждаются ареалом бытования.