Фамилия Сайганов образована от имени Сайган. По одной из версий, оно восходит к слову «сайга» – парнокопытное степное животное семейства полорогих. Имя же Сайган могли дать резвому ребенку. Согласно другой гипотезе, в основе этого имени лежит монгольское слово «сайхан» - «благополучный».