Фамилия Саховатова образована от мужского варианта Саховатов, а тот, в свою очередь, — от прозвища Саховатый. Словообразовательная модель здесь нестандартная: суффикс -оват- в русских фамилиях встречается редко. Обычно -оват- — это суффикс прилагательных со значением неполноты качества (сладковатый, глуповатый). В фамилиях он мог указывать на внешнюю или поведенческую черту человека, причём не резко выраженную, а чуть заметную.

Основа — «сах-». Самое прямое объяснение: прозвище Саховатый дали человеку, который имел отношение к сахару. В XIX веке сахар был дорогим и не самым доступным продуктом, поэтому прозвище могло закрепиться за торговцем сахаром, владельцем сахарного завода или просто за сладкоежкой, которого дразнили «сахарным». Но есть и другая версия, связанная с диалектами. В южнорусских говорах «сах» или «саха» могло означать «сажа», «копоть». Тогда Саховатый — человек, перепачканный сажей, либо работающий с ней (трубочист, кузнец, печник). Оба варианта правдоподобны, но второй подтверждается тем, что в тех же говорах зафиксирована фамилия Сахов, а суффикс -оват- как раз часто присоединялся к основам, обозначающим цвет или загрязнение (черноватый, седоватый).

Женская форма Саховатова — типичное окончание для фамилий, которые носили замужние женщины или дочери в крестьянской среде. Географически фамилия редкая, встречается в основном в центральных и южных областях России, что косвенно поддерживает версию о южнорусском диалектном происхождении. В дворянских родословных книгах эта фамилия не значится — скорее всего, предки были крестьянами или мещанами, а прозвище возникло в быту, по занятию или внешности.