Фамилия Сакнэ — редкая и нестандартная для русской ономастики. Её происхождение почти наверняка не славянское, искать в ней привычные суффиксы -ов, -ин или -ский бесполезно. Скорее всего, перед нами фамилия западноевропейского или, что вероятнее, французского корня. В русском языке она могла закрепиться в результате эмиграции, например, после революции 1917 года, или через обрусевших потомков французских специалистов (гувернёров, архитекторов, инженеров), которых приглашали в Россию в XVIII-XIX веках.

Основа фамилии восходит к французскому слову "sac" — мешок, сумка, или к производному "sac à..." (мешок для чего-либо). Однако прямое значение «мешок» для прозвища маловероятно. Более правдоподобно, что Сакнэ — это русифицированная транскрипция французской фамилии Sacné или Sacnet. Такие фамилии могли возникнуть от названия местности (топонима) или от прозвища человека, связанного с изготовлением мешков (мешочника, торговца). В ономастике французских фамилий суффикс -et/-é часто указывает на уменьшительность или принадлежность, так что Sacné могло означать «маленький мешок» или «сын мешочника».

В русском контексте фамилия Сакнэ могла подвергнуться народной этимологии — её могли переосмыслить на слух, связав с диалектными глаголами «сакнуть» (ударить, стукнуть) или «сакнуть» в значении «схватить, поймать» (от слова «сак» — рыболовная сеть). Но это вторичные, народные версии, не имеющие отношения к первоначальному значению. Географически фамилия почти не встречается в исторических документах по крестьянским или купеческим родам России, что подтверждает её позднее и нерусское происхождение.

Таким образом, носитель фамилии Сакнэ, скорее всего, потомок выходцев из Франции или франкоязычных регионов (например, Швейцарии), чья фамилия была записана на русский лад. В дореволюционной России такие фамилии нередко встречались среди обрусевших дворян или интеллигенции, но точных данных о сословной принадлежности по одной фамилии без генеалогического поиска нет.