Фамилию Сакушин стоит разбирать с суффиксальной части — и это сразу ведёт к разгадке. Суффикс -ин указывает на происхождение от имени или прозвища на -а/-я, причём в русской ономастике такие фамилии чаще всего означают «чей?» — то есть «сын такого-то» или «человек из рода такого-то». Основа здесь — Сакуш-, и это усечённая или диалектная форма личного имени.

Самое вероятное исходное имя — Сакуша. В старых русских говорах так могли называть человека, чьё полное имя было, например, Сава, Савватий или Савелий. Уменьшительно-ласкательная форма с суффиксом -уш- (Сава → Савушка → Сакуша) — обычное явление для XVI–XVII веков, когда в быту почти не использовали полные церковные имена. Со временем «в» выпало или перешло в «к» под влиянием местного произношения: «Савушка» в некоторых диалектах звучало как «Сакушка». Так и закрепилось.

Есть и вторая версия, менее распространённая, но не лишённая логики. В южнорусских и украинских говорах слово сакуш или сакуша могло быть прозвищем — от глагола «сакать» (кричать, звать, окликать). Сакушей называли горластого, шумного человека или того, кто постоянно переспрашивал. Однако эта версия слабее: прозвища с таким корнем редки, а фамилия Сакушин встречается в основном в центральных и северных областях России, где «сакать» не было в ходу.

География фамилии подтверждает первую версию. Сакушины чаще всего фиксируются в старых переписях Владимирской, Костромской и Нижегородской губерний — как раз территории, где было распространено имя Савва и его производные. Встречается она и на Урале, куда переселенцы принесли фамилию в XVIII–XIX веках. А вот в южных регионах и в Сибири она редка.

Если сравнивать с однокоренными — Сакушев, Сакушкин, Савушкин, — то Сакушин стоит особняком: у него нет промежуточного «в» или «шк», что указывает на более раннее и диалектное оформление. Это не описка писаря, а устойчивая народная форма, которая возникла до того, как фамилии начали записывать в церковных книгах.

Сословного барьера у Сакушиных не было: фамилия могла принадлежать и крестьянину, и мещанину, и священнику. Но в дворянских родословных книгах она не значится — значит, предки были скорее всего из податных сословий.