Фамилия Салалыкина образована от прозвища Салалыка, которое восходит к диалектному глаголу «салалычить» — «ябедничать, сплетничать». Прозвище указывало на особенности характера предка: так могли назвать болтливого человека, любителя посплетничать или того, кто доносил. Подобные прозвища были распространены в народной среде, где меткое слово часто закреплялось за человеком прочнее, чем его крестильное имя.

В основе фамилии лежит суффикс -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: Салалыкина буквально означает «дочь (или жена) Салалыки». Мужской вариант — Салалыкин — строится по той же модели, что и фамилии от прозвищ и личных имён, оканчивающихся на -а: например, Гаврилкин от Гаврилка или Фомин от Фома. Такая форма типична для северных и центральных регионов России, где притяжательные прилагательные с суффиксом -ин использовались шире, чем на юге.

Диалектный характер прозвища указывает на его локальное бытование: глагол «салалычить» фиксировался в Москве и окрестных территориях. Это позволяет предположить, что корни фамилии — в центральной России, возможно, в среде посадского или крестьянского населения, где прозвища часто отражали поведение человека в общине.

Существует и менее вероятная версия, связывающая основу с тюркским именем Салалык, которое можно перевести как «здоровый, крепкий». Однако эта гипотеза уязвима: при таком происхождении фамилия сохранила бы конечный согласный основы и звучала бы как Салалыков. Появление формы Салалыкин объясняется именно русским прозвищем на -а, поэтому версия о ябеднике-сплетнике выглядит убедительнее.

Встречаются и однокоренные фамилии, например Салалыкин и Салалыкина, которые различаются только родовым окончанием. Само прозвище Салалыка в современном языке почти исчезло, но память о нём сохранилась в фамилии. Потомок человека, которого в округе знали под этим прозвищем, со временем получил фамилию, закрепившую за его родом память о характере далёкого предка.