Фамилия Салиходжаева — женская форма фамилии Салиходжаев. Она заканчивается на типичный русский суффикс -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на согласный или гласный. В данном случае основа — Салиходжа. По модели образования фамилия принадлежит к числу относительно поздних, оформленных по русскому образцу, но корни её уходят в мусульманскую культуру Средней Азии.

Основа фамилии — составное арабское имя Салиходжа. Оно распадается на две части: «Салих» (в переводе с арабского — «праведный», «благочестивый») и «ходжа» (почётный титул, восходящий к персидскому «хваджа» — «господин», «наставник», «хозяин»). В тюркской среде слово «ходжа» часто означало потомка пророка или уважаемого религиозного деятеля, учителя. Таким образом, имя Салиходжа буквально означало «праведный ходжа» или «благочестивый наставник». Фамилия Салиходжаева, следовательно, образована от личного имени основателя рода — Салиходжи, которое закрепилось как родовое прозвище.

Географически фамилия наиболее характерна для Узбекистана и Таджикистана, где распространены аналогичные антропонимические модели. В русской среде фамилия встречается редко, в основном среди потомков выходцев из Средней Азии. Интересно, что в отличие от многих русских фамилий на -ов, где суффикс указывает на принадлежность («чей?»), здесь он выполняет скорее функцию русификации: исконное восточное имя было адаптировано к русской паспортной системе в XIX–XX веках.

С точки зрения сословной принадлежности предков Салиходжаевых — скорее всего, это были представители духовенства или зажиточные горожане, носившие почётный титул «ходжа». Однако однозначно утверждать это нельзя: в советское время фамилия могла закрепиться и за людьми, далёкими от религиозных кругов. Спорных версий у этой фамилии практически нет — составные части прозрачны, а альтернативные толкования (например, связь с тюркским «салык» — «налог») маловероятны, так как вторая часть «ходжа» слишком специфична и устойчива.