Фамилия Салтоновский — редкий пример фамилии, в основе которой лежит не прозвище или ремесло, а, скорее всего, географическое название, причём неочевидное. Она образована по продуктивной модели на -ский, типичной для дворянских и шляхетских фамилий, указывающих на владение местностью или происхождение из определённого места. Носитель такой фамилии — потомок человека, который либо владел имением Салтоново, либо пришёл из села или деревни с похожим названием.

Корень фамилии — «Салтон-». Это мог быть гидроним или ойконим. На картах встречаются речки Салтонка (притоки Оки, Волги) и село Салтоново в бывшей Курской губернии. Название, в свою очередь, восходит к тюркскому слову «салтон» (вариант «султан») — титул правителя. В русских говорах «салтан» могло закрепиться как прозвище за человеком важным, властным или просто носившим это имя. Но в фамилии Салтоновский суффикс -овск- однозначно указывает на принадлежность к местности: «из Салтонова». Версия о прямом прозвище «Салтон» с последующим добавлением -ский маловероятна — для прозвищных фамилий типичнее суффиксы -ов или -ин.

Интересна и орфографическая особенность: фамилия пишется через -о-, а не через -а- (Салтоновский, а не Салтановский). Это может быть следствием аканья в южнорусских говорах, где безударное «о» произносится как «а», но на письме закрепился исторический вариант. Либо же в основе действительно лежало имя «Салтон» (от «султан»), которое не смешивалось с «салтан» как птица.

Сословно фамилия могла принадлежать как мелкопоместным дворянам (типичная «географическая» фамилия на -ский), так и духовенству — священникам, получавшим фамилии от названий сёл, где служили. Встречается она крайне редко: по данным переписей, основные очаги — юг России (Курская, Воронежская области) и Украина. Известных носителей, оставивших след в истории, не зафиксировано — фамилия осталась локальной, не вышла за пределы своего района.