Фамилия Самаитис звучит как литовская, и это первое, что бросается в глаза. Окончание -ис (-is) — типичный маркер литовских фамилий мужского рода, особенно в современной их форме. В Литве такие фамилии на -is, -us, -as составляют основу национального ономастикона, и Самаитис вписывается в этот ряд.

Скорее всего, в основе фамилии лежит этноним — название народа или жителя определённой местности. Самаитис — это «жемайтис», то есть житель Жемайтии (Samogitia), исторической области на западе Литвы. В литовском языке žemaitis означает «низовец», «житель низменности», по географическому положению региона. Переход начального звука «ж» в «с» в русской или иной передаче — явление нередкое при адаптации литовских фамилий: так, например, фамилия Жемайтис в русских документах могла записываться как Самайтис или Самаитис. Возможно, это произошло из-за особенностей произношения в польском или белорусском окружении, где звук «ж» мог заменяться на более твёрдый «с».

Другая, менее вероятная версия — связь с личным именем Самуил или его краткой формой Сама. Но литовская словообразовательная модель с суффиксом -aitis/-ytis чаще указывает на происхождение от отчества или прозвища, а не от крестильного имени напрямую. В случае с Самаитис этническая версия выглядит убедительнее: подобные фамилии (Латвиетис, Прусайтис) известны в Литве и указывают на происхождение предка из определённой земли.

Таким образом, носитель фамилии Самаитис, скорее всего, имеет литовские корни, а его предок происходил из Жемайтии или получил такое прозвище, переселившись в другую местность. Фамилия не очень распространена за пределами Литвы и исторических земель Великого княжества Литовского.