Фамилия Самамарин — редкая и сложная для однозначного толкования. Её основа не вписывается в типичные славянские модели, поэтому с высокой вероятностью перед нами фамилия искусственного или книжного происхождения, либо вариант поздней адаптации иноязычной фамилии.

Первый и самый логичный путь — разобрать её как составную: «Сама» + «Марин». В русской ономастике известны фамилии, образованные от прозвищ с частицей «сам» (например, Самсонов, Самойлов), но здесь «сама» может быть женской формой или частью устойчивого сочетания. «Марин» — это либо сокращение от имени Марина (тогда фамилия могла означать «сама Марина», то есть принадлежащая женщине по имени Марина, что нетипично для патронимических фамилий), либо от прозвища Марин, связанного с морем (от лат. marinus — «морской»). В таком случае Самамарин могло быть прозвищем человека, который «сам себе моряк» или «сам как морской», но это выглядит натяжкой.

Вторая версия — топонимическая. Фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта, например, села или хутора с похожим именем. На картах России и стран бывшего СССР встречаются единичные топонимы вроде Самамарино (предположительно, в Поволжье или на юге), но подтверждённых данных нет. Если такой топоним существовал, фамилия указывала бы на выходца из этого места.

Третья, наиболее правдоподобная гипотеза — фамилия семинарская. В духовных училищах и академиях XVIII–XIX веков ученикам нередко давали фамилии, образованные от латинских или греческих слов, иногда с причудливыми сочетаниями. «Самамарин» может быть переделкой латинского «sama marinus» — «сама морская» (возможно, как эпитет Богородицы — Stella Maris, «Звезда морская»). Или же это искажённое «Сан-Марино» — от названия государства или святого. Семинарские фамилии часто были длинными, книжными и необычными.

Словообразовательный суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), что типично для русских фамилий от основ на -а/-я. Однако здесь он присоединён к целой конструкции, а не к личному имени, что подтверждает её вторичный, искусственный характер.

География бытования фамилии Самамарин невелика. Встречается она в основном в центральной России и Поволжье, единичные носители есть в Москве и Санкт-Петербурге. Сословно, если верна семинарская версия, предки могли быть из духовенства. Если топонимическая — из крестьян или мещан, переселившихся из конкретной местности.

Таким образом, Самамарин — фамилия-загадка. Самое обоснованное объяснение — искусственное происхождение в среде духовенства, где ценилась учёная экзотика. Другие версии (от прозвища или топонима) менее вероятны из-за отсутствия устойчивых параллелей в народной речи.