Фамилия Самарин в привычном виде закрепилась за потомками человека, которого в старину звали прозвищем Самара. Чаще всего такое прозвище давали выходцу из города Самары или человеку, имевшему с этим местом прочную связь — например, долго жившему там или торговавшему с самарскими купцами. В этом случае фамилия отвечает на вопрос «чей будешь?» и означает буквально «сын Самары», то есть человек из тех краёв.

Менее вероятная, но любопытная версия связывает прозвище не с топонимом, а с нарицательным словом «самара». Так в некоторых говорах называли длиннополую крестьянскую одежду. Если принять эту версию, прозвище Самара могло указывать либо на социальное положение человека — крестьянина, носившего такую одежду, — либо на род его занятий, если он был портным, шившим подобные кафтаны. Впрочем, эта гипотеза уступает топонимической: фамилии, образованные от названий городов и рек, встречаются гораздо чаще, чем прозвища по предметам одежды, к тому же город Самара стоял на бойком торговом пути, и прозвище по месту жительства было естественным и понятным окружающим.

Сама модель образования фамилии — через суффикс -ин — типична для крестьянской и посадской среды. В отличие от фамилий знати, которые часто оформлялись формантами -ский/-цкий или -анинов/-янинов, фамилии простых людей обычно строили с помощью суффиксов -ов, -ев, -ин, -их/-ых. Форма Самарин как раз относится к этому массовому пласту: она указывала на принадлежность к конкретной семье, главу которой звали Самара, и одновременно на отношение к географическому объекту, пусть и не напрямую, а через прозвище.

Фамилия не была редкостью в Поволжье и соседних с ним губерниях. В Книге памяти Западно-Казахстанской области упоминается заместитель уполномоченного Самарин Александр Александрович, родившийся в 1884 году в селе Перелюбовское Саратовской области. Эта запись — типичная иллюстрация того, как люди с фамилией, рождённой самарским или саратовским краем, разъезжались по всей империи, унося с собой память о малой родине в прозвище предка.

Самым известным носителем фамилии остаётся Юрий Фёдорович Самарин (1819–1876) — русский философ, публицист и общественный деятель. Он входил в число «старших» славянофилов и активно работал в редакционных комиссиях по подготовке крестьянской реформы 1861 года. Его деятельность показывает, что фамилия, вышедшая из простонародной среды, к XIX веку уже прочно стояла и в дворянских родословных, что лишний раз напоминает: суффикс -ин сам по себе не говорит о сословии, он лишь фиксирует имя или прозвище основателя рода.