Фамилия Самарникова — женская форма от Самарников, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Перед нами типичная отыменная или отпрозвищная фамилия, образованная с помощью патронимического суффикса -ов. Но её основа, «Самарник», — редкая. В отличие от распространённых Самариных или Самарских, здесь мы видим суффикс -ник, который в русских фамилиях часто указывает на род занятий: мельник, сапожник, плотник. Значит, «Самарник» — это человек, имеющий отношение к «самару».

Что такое «самар»? Тут возможны две версии, и обе связаны с географией и бытом. Первая, самая прямая: «самар» — диалектное название растения, например, тростника или осоки, из которого плели корзины. В таком случае Самарник — мастер, который заготавливал этот материал или делал из него утварь. Вторая версия ведёт к реке Самара, левому притоку Волги. Жителя по берегам Самары могли прозвать «самарником» — то есть выходцем из тех мест. Эта гипотеза подкрепляется тем, что фамилия Самарников и её формы встречаются в Поволжье и на Урале, куда переселенцы приносили прозвища по прежнему месту жительства.

Словообразовательная модель проста: к основе «Самар» добавили суффикс -ник, обозначающий деятеля или принадлежность, а затем — фамильный суффикс -ов. Получилось «Самарников» — сын Самарника. В женском роде — Самарникова. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, что типично для фамилий, образованных от прозвищ по ремеслу или месту.

Интересная деталь: в отличие от фамилии Самарин, которая может восходить к имени Самара (краткая форма от Самуил), Самарникова почти наверняка прозвищная. Никаких следов крестильного имени «Самар» в святцах нет. Поэтому версия с ремеслом или географическим прозвищем — самая правдоподобная. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, вы имеете дело с потомками либо корзинщика из приволжских степей, либо переселенца с берегов Самары.