Фамилия Самашкина — женская форма, образованная от мужской Самашкин. В основе, скорее всего, лежит неканоническое имя или прозвище Самашка. Это уменьшительная форма от имени Сама, которое могло быть сокращением от крестильного имени Самуил (древнееврейское «услышанный Богом»). На русской почве имя Самуил давало целый ряд производных: Сама, Самойло, Самоха, Саманя, и Самашка органично вписывается в этот ряд.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — Самашкин, то есть сын или потомок Самашки. Такие фамилии особенно характерны для северных и центральных областей России, где -ин был основным патронимическим суффиксом.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с топонимом Самашки. В Чечне существует село Самашки, но фамилия Самашкин встречается и за пределами Кавказа, в русских регионах. Если фамилия действительно образована от названия села, то её носитель мог быть выходцем оттуда. Однако для русской ономастики типичнее происхождение от личного имени или прозвища, чем от чеченского географического названия, так что версия с Самуилом выглядит предпочтительнее.

Среди носителей фамилии нет широко известных исторических личностей, о которых можно было бы рассказать достоверно. Сама фамилия редкая, нечастотная. Встречается в основном в Поволжье и центральной России, что косвенно подтверждает её происхождение от уменьшительной формы имени Самуил, распространённого именно в этих местах.