Фамилия Самиджанова — одна из тех, где корень и суффикс рассказывают о происхождении почти без споров. Основа здесь — мужское имя Самиджан, которое в тюрко-персидской среде сложилось из двух частей: арабского «Сами» (высокий, возвышенный, всеслышащий — один из эпитетов Аллаха) и персидского «джан» (душа, жизнь, дорогой). Получается «возвышенная душа» или «дорогой, как высокое имя». Имя Самиджан было распространено у татар, башкир, узбеков, таджиков — народов, где ислам и персидская культура оставили глубокий след в именослове.

Суффикс «-ова» указывает на принадлежность: Самиджанова — это «дочь» или «жена» Самиджана. В русской грамматике такая модель закрепилась в XIX–XX веках, когда тюркские и кавказские фамилии оформляли по русскому образцу. Мужской вариант — Самиджанов — означает «потомок Самиджана». Женская форма закрепилась как неизменяемая в документах, хотя по правилам склоняется: нет Самиджановой, к Самиджановой.

Географически фамилия встречается в Татарстане, Башкортостане, в Средней Азии, а также среди татарской диаспоры в России. Встречается реже, чем однокоренные Самигуллин или Самиев, что говорит о более локальном бытовании имени Самиджан. Носители фамилии в основном происходят из крестьянской или ремесленной среды — в дореволюционных метрических книгах Самиджановых записывали как «мещан» или «государственных крестьян».

Отдельно стоит разобрать написание: вариант «Самиджанова» (через «и» после «м») — самый частый. Но в старых записях можно встретить «Самиджанов» с одной «н» или «Самиджановъ» с твёрдым знаком. Если основа происходит от имени Самитжан (с «т»), то фамилия писалась бы как «Самитжанова» — это другой, более редкий корень. Для фамилии Самиджанова версия с «дж» (звук, близкий к русскому «дж» в слове «джинсы») — основная.