Фамилия Самищенко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках была особенно распространена на Левобережной и Слободской Украине. Суффикс -енко в украинской ономастике традиционно указывал на потомка или младшего родственника: буквально «маленький», «сын такого-то». В этом смысле Самищенко — «сын Самища», но здесь и кроется главная загадка.

Основа фамилии — Самищ(а) — нестандартна. Скорее всего, это не самостоятельное имя, а производная форма от крестильного имени Самуил (древнееврейское «услышанный Богом») или, реже, от Савва (арамейское «старец»). В украинской народной традиции имена часто укорачивали и добавляли экспрессивные суффиксы: Самуил мог превратиться в Сама, а затем — в Самищу, где -ищ- придаёт оттенок «большой» или «старший». Таким образом, Самищенко — «внук» или «сын того, кого звали Самища», то есть человека с крупным именем Самуил.

Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с прозвищем Самища от глагола «самить» — в некоторых говорах так называли человека, который всё делает по-своему, самовольно. Но для украинской антропонимии XVII века такой корень редок: прозвища от глаголов обычно оканчивались на -ло или -ка (Самойло, Самилка), а не на -ища.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщина, Черниговщина, Сумщина. В России Самищенко встречается реже, чаще в южных регионах, куда переселялись украинские крестьяне в XIX веке. Сословно носители фамилии в большинстве были казаками или крестьянами: суффикс -енко в ту эпоху почти не встречался у дворян, которые предпочитали польско-шляхетские окончания -ский или -цкий.

В написании фамилии практически нет вариаций: Самищенко, а не Сомищенко или Семенченко. Ударение в современном русском языке чаще падает на второй слог (СамИщенко), хотя в украинском произношении возможно ударение на третий (СамищЕнко) — это отражает диалектные различия.