Фамилия Самлайкин — редкая и неочевидная. Её основа не лежит на поверхности, и это как раз тот случай, когда разбор суффикса и модели образования даёт больше, чем поиск прямого корня. Фамилия образована по типичной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Самлайкин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Самлайка. Суффикс -к- в основе (Самлайк-а) — это уменьшительный или прозвищный формант, характерный для неканонических имён и уличных прозвищ в северных и волжских говорах.

Сам корень — «Самлай» — скорее всего, не славянский. Наиболее правдоподобная версия связывает его с тюркскими языками, в частности с чувашским или татарским. В чувашском есть слово «самла» (или близкое по звучанию), означающее «ценить», «почитать», «уважать». Соответственно, «Самлай» могло быть личным именем-пожеланием в значении «уважаемый», «почтенный». В пользу этой версии говорит и география: фамилии с основой на «-лай» и суффиксом «-кин» (Самлайкин, Толмайкин, Чалдайкин) встречаются в Поволжье, в зоне активных русско-тюркских контактов, особенно на территории современных Чувашии, Татарстана и Нижегородской области.

Менее вероятна, но не исключена версия от прозвища, связанного с диалектным глаголом «самлить» (в некоторых говорах — «соображать», «понимать», «смекать»). В таком случае «Самлай» — это человек, который «самлит», то есть додумывается, соображает. Однако эта версия слабее: глагол «самлить» — редкий, локальный, и его производные (вроде «самлайка») почти не фиксируются в исторических документах, в отличие от тюркских антропонимов.

Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская. В списках дворянства или купечества Самлайкины не значатся, что типично для фамилий, образованных от просторечных прозвищ в иноязычной среде. Первые носители, вероятно, были государственными или ясачными крестьянами в Среднем Поволжье, принявшими православие, но сохранившими в фамилии память о тюркском имени предка.

В современной России фамилия остаётся малочисленной. Её можно встретить в Чувашии, Марий Эл и в Нижегородской области, реже — в центральных регионах. Написание строго через «а» (Самлайкин, не Самлойкин) закрепилось, видимо, уже при паспортизации, хотя в диалектном произношении могла встречаться редукция гласных.