Фамилия Самнидзе — характерный пример грузинской фамилии, образованной по одной из самых распространённых моделей. Суффикс -дзе в переводе с грузинского означает «сын» и указывает на происхождение от отца или предка по мужской линии. Это самый частотный патронимический формант в Западной и Центральной Грузии, особенно в регионах Имерети, Гурии и Рача. Так что носитель фамилии Самнидзе — потомок человека, носившего прозвище или имя Самни.

Основа Самни — более редкая и неоднозначная. В грузинском языке нет прямого слова «самни» в значении «три», хотя числительное «сами» (три) звучит близко. Возможно, перед нами усечённая или диалектная форма от какого-то личного имени или прозвища. Например, в старой Грузии бытовали имена, образованные от числительных: «Сами» или «Самни» могло означать «третий» (по счёту рождения) или «тройня». Похожая логика встречается в русских фамилиях Третьяков или Шестаков.

Другая, менее вероятная версия — связь с тюркским или арабским корнем. В османском турецком «сам» означает «ядовитый», но для грузинской фамилии это нетипично, и правдоподобность такой этимологии низкая.

Фамилия Самнидзе не относится к числу широко известных аристократических родов Грузии (как, скажем, Орбелиани или Багратиони). Скорее всего, её предки были крестьянами, ремесленниками или мелкими дворянами — азнаури. Суффикс -дзе не даёт информации о сословной принадлежности, так как его использовали все слои населения. Поэтому точный социальный статус первых Самнидзе восстановить сложно.

В написании фамилия устойчива: окончание -дзе не меняется ни в русском, ни в грузинском языках. При склонении по-русски меняется только последняя часть: Самнидзе, Самнидзе, Самнидзе — она не склоняется. В Грузии же фамилии на -дзе склоняются по правилам грузинской грамматики, что для русского уха непривычно.