Фамилия Самофатова — женская форма, мужская — Самофатов. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Самофат. Слово «самофат» в русских говорах означало «самолюб», «самохвал», человека, который себя выставляет, хвастает. В словаре Даля «самофат» — это «самохвал, бахвал, хвастун». Прозвище давали тому, кто любил прихвастнуть, показать себя, возможно, с оттенком иронии или неодобрения.

Фамилия образована по стандартной модели: основа Самофат- плюс суффикс -ов, указывающий на принадлежность: Самофатов — сын Самофата. Суффикс -ов самый распространённый в русских фамилиях, он закреплялся за большинством крестьянских и мещанских родов после отмены крепостного права. Самофатовы — не дворянский род, а типичная фамилия из крестьянской или посадской среды, где прозвища бытовали как вторые имена до середины XIX века.

Географически фамилия встречается преимущественно в центральных и южных регионах России: Воронежская, Тамбовская, Ростовская области, а также в Поволжье. Встречается и в украинских говорах — там «самофат» могло означать «самовольный», «своенравный», что близко по смыслу.

Есть и другая, менее вероятная версия: от греческого имени Самофат (Самват, Савватий) через народное переосмысление. Но она не подтверждается ни частотой, ни географией — фамилия не привязана к старообрядческим или духовным родам, где греческие имена встречались чаще. Правдоподобнее всего — прозвищное происхождение от слова «самофат» как характеристики человека.