Фамилия Самоныкин — редкий случай, когда в основе лежит не имя, а прозвище, причём с неочевидной на первый взгляд словообразовательной цепочкой. Если сразу попытаться угадать корень, на ум приходит «сам» — но это ошибка. На самом деле фамилия восходит к крестильному имени Симон (в просторечии Семён), которое в некоторых диалектах звучало как Самон. От него образовали уменьшительную форму Самоныка — так в быту могли называть сына или младшего родственника. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Самоныкин, то есть «сын Самоныки».

Спорный момент — не путать с фамилиями на -ых/-их, которые характерны для северных и сибирских говоров. Здесь же стандартная модель с -ин, типичная для центральной России и Поволжья. Однако сама форма Самоныка встречается редко, поэтому фамилия остаётся локальной — скорее всего, её носители происходят из одной или нескольких соседних деревень, где закрепилось такое прозвище.

В ономастических справочниках (например, у Б. Унбегауна) подобные образования рассматриваются как вариант от канонического имени Симон через народную форму Самон. Другие версии — например, связь с глаголом «самонить» (в некоторых говорах — «обманывать») — выглядят натянутыми, так как глагол малоупотребителен и не дал устойчивого прозвищного пласта.

По социальному составу Самоныкины, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — фамилии на -ин у непривилегированных сословий в XVII–XIX веках образовывались именно от уличных прозвищ. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её простонародное происхождение.