Фамилия Самугина — женская форма, а её мужской вариант — Самугин. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Самуга. Слово это звучит архаично, и его происхождение не лежит на поверхности, что делает фамилию особенно интересной для разбора.

Самая вероятная версия связывает Самугу с глаголом «саму́жить», который в некоторых русских говорах означал «суетиться, хлопотать, делать что-то с излишней поспешностью и шумом». В этом случае Самугой могли прозвать непоседливого, суетливого человека, вечно занятого, но не всегда результативно. Модель образования проста: основа глагола (самуг-) плюс типичный фамильный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Самуги). Такие фамилии от прозвищ с суффиксом -уга (-юга) встречаются, но нечасто, что придаёт Самугиным определённую редкость.

Есть и другая, менее очевидная гипотеза: связь с татарским или другим тюркским именем, где корень «саму» мог означать «высокий, возвышенный». Однако для фамилии, бытующей преимущественно в центральных русских областях (по данным современных справочников, Самугины встречаются в Тверской, Московской, Ярославской областях), славянская версия с бытовым прозвищем выглядит убедительнее.

Интересно, что фамилия не имеет «дворянского» суффикса -ский и не образована от крестильного имени (вроде Иванов или Петров). Это указывает на её происхождение в среде крестьян или посадских людей. Предок Самугиных, скорее всего, был простым человеком, которого в деревне знали по характерной черте — неуёмной хлопотливости или, наоборот, какой-то иной примете, давшей повод для такого прозвища.