Фамилия Самугин — редкая и интересная с точки зрения словообразования. В ней не сразу угадывается корень, что часто вызывает споры о её происхождении. На первый взгляд кажется, что основа — «Самуг-», но на самом деле перед нами, скорее всего, фамилия с суффиксом -ин, образованная от прозвища или имени, оканчивающегося на -а/-я. Если отбросить типичный русский суффикс принадлежности -ин, остаётся основа «Самуг-». Она может восходить к разговорной форме крестильного имени Самуил — Самуга. Такое усечение (Самуил → Самуха → Самуга) типично для народной речи: имя как бы «обрубали» до простого и звонкого звучания. В этом случае Самугин — буквально «сын Самуги», то есть потомок человека, которого в быту звали Самугой.

Однако существует и вторая, не менее правдоподобная версия, связанная с географией. Фамилия могла возникнуть на стыке русских и финно-угорских земель, например, в бывшей Олонецкой губернии или в Прикамье. В карельском и вепсском языках есть слово «samug» — «сам», «самостоятельный», а также «одинокий» или «одинокий человек». Прозвище Самуга могли дать крестьянину-единоличнику, жившему отдельным хутором, или человеку с независимым, замкнутым характером. Суффикс -ин в этом случае работает так же: «из семьи Самуги».

Третья, менее вероятная версия, отсылает к тюркским корням, где «самук» или «самуг» означает «жара», «зной», но для фамилии с русским суффиксом -ин это звучит натянуто. Скорее всего, перед нами именно севернорусская или прибалтийско-финская модель: либо краткая форма от Самуила, либо прозвище по характеру. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, и её редкость говорит о том, что родоначальник жил достаточно локально. Встретить Самугиных сегодня можно в основном на северо-западе России и в Поволжье, где исторически смешивались славянские и финно-угорские традиции имянаречения.