Фамилия Санафеева — редкий случай в русской ономастике, где географическая привязка перевешивает прозрачность корня. Она происходит от мужской формы Санафеев, а та, в свою очередь, от прозвища или имени Санафей. Основа неочевидна: в ней нет ни тюркского «сан» (число, почёт), ни арабского «сана» (блеск, хвала), хотя такие версии иногда встречаются. Скорее всего, Санафей — это народная переделка канонического имени Савватий или Синесий, каких много в русских говорах: звук «ф» мог возникнуть на стыке приставки и корня или под влиянием диалектного произношения.

Модель образования простая: суффикс -ев, а не -ов, указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий согласный или «й». В данном случае — на конечный звук [ф'] в имени Санафей. Такие фамилии в XVI—XVII веках часто закреплялись за крестьянами и посадскими людьми в центральных и северных губерниях. Конкретно Санафеевы встречаются в старых переписях по Владимирской и Костромской губерниям, что сужает ареал: предки, скорее всего, жили в Верхнем Поволжье.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Санаев, Санаков, Санатов) показывает, что Санафеев стоит особняком: у них разные суффиксы и, вероятно, разные источники. Если Санаев могли произвести от тюркского прозвища, то Санафеев — явно христианская, хоть и искажённая, основа. Это значит, что первый носитель был крещёным человеком, которому дали редкое имя, а потом переделали на деревенский лад.

Таким образом, фамилия Санафеева — не про профессию или внешность, а про адаптацию церковного имени в простонародной среде. Носитель её может считать, что его предок был либо выходцем из северных земель, где такие переделки были нормой, либо человеком, чьё имя при переписи записали на слух, а не по святцам. Точной даты появления нет, но по модели фамилия сложилась не позднее XVII века.