Фамилия Санджанов — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано со славянскими корнями. Основа фамилии не имеет ничего общего с русскими словами, а суффикс -ов указывает на то, что это типичная русская патронимическая модель, «пришитая» к иноязычному имени. Проще говоря, Санджанов — это «сын Санджана», где Санджан — личное имя или прозвище.

Самое правдоподобное объяснение ведет в тюркскую или иранскую среду. Имя Санджан (варианты: Сенджан, Синджан) может восходить к тюркскому слову «санжак» — знамя, стяг, или военный штандарт. В Османской империи «санджак» был административной единицей, а в более широком смысле — символом власти и воинской доблести. Таким образом, прозвище Санджан мог получить воин, знаменосец, либо человек, связанный с военным делом. Вторая версия — от персидского топонима Сенджан (город в Иране), и тогда фамилия указывает на выходца из этого региона.

Модель образования типична для рубежа XIX–XX веков, когда русская администрация активно «обрусевала» фамилии нерусских народов, добавляя окончание -ов к исходной форме. Носители фамилии Санджанов — это, скорее всего, потомки тюркских народов (татар, башкир, казахов, азербайджанцев) или народов Кавказа, принявших русскую фамильную форму. Встречается фамилия и у калмыков, где имя Санджан (Санжи) — распространенное буддийское имя, связанное с санскритским «санджая» (победоносный). В таком случае это особая линия, не смешивающаяся с тюркской.

Споров между версиями нет: все они сходятся на том, что основа — личное имя или прозвище, а не профессия или географический объект в прямом смысле. Сословная принадлежность предков могла быть разной — от воинов до крестьян, но фамилия не несет указания на дворянство или духовенство. Встречаемость фамилии низкая, что говорит о локальном распространении — вероятно, в Поволжье, на Северном Кавказе или в Калмыкии.