Фамилия Санкуева образована от мужского имени или прозвища Санкуй. В основе лежит тюркский корень «сан» — «число», «счёт», «почёт», «слава». Вторая часть «куй» восходит к глаголу со значением «лить», «ковать», «защищать». Вместе имя могло означать «защитник чести» или «славный мастер». Такие сложные двухосновные имена были распространены у народов Северного Кавказа, особенно у балкарцев и карачаевцев, где фамилия Санкуева встречается чаще всего. Суффикс -ев указывает на принадлежность к роду: Санкуев — буквально «сын Санкуя».

Менее вероятна, но возможна связь с арабским словом «санк» — «закон», «устав», но такая версия не находит убедительного подтверждения в ономастических источниках. В словарях тюркских личных имён вариант Санкуй не фиксируется как массовый, что говорит о его локальном, возможно, прозвищном происхождении. Прозвище могли дать человеку, который вёл строгий учёт, был бухгалтером или казначеем в родовой общине.

Фамилия Санкуева — женская форма, мужской вариант — Санкуев. Встречается в Кабардино-Балкарии, Карачаево-Черкесии, а также среди балкарской диаспоры в Турции. В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксируется с середины XIX века, когда горские народы стали получать официальные фамилии по отцу. До этого родовая память хранила имя предка без суффиксальной привязки.

Словообразовательная модель с суффиксом -ев типична для русских фамилий, но в данном случае она наложилась на тюркскую основу, что характерно для народов, вошедших в состав Российской империи. Фамилия не имеет отношения к славянским корням, несмотря на внешнее сходство с фамилиями на -ев от имён на -ей (Андрей — Андреев). Санкуева стоит особняком: её разгадка — в тюркском имени-обереге, которое должно было принести мальчику удачу в ремесле и уважение в обществе.